Los miembros de Fundación Raíz tienen un compromiso de muchos años con los pueblos indígenas amazónicos y en especial con la minoría étnica del pueblo Sieko Pai, comúnmente conocidos como Secoyas. Los Secoyas son un pueblo indígena ancestral de la Amazonía y en la actualidad vienen varias comunidades en la frontera norte entre Ecuador y Perú. Desde 1990, Manuel Pallares y Pablo Yépez, miembros fundadores de Raíz, iniciaron un proyecto orientado a la reunificación del pueblo Secoya dividido entre Ecuador y Perú, y al rescate de su territorio.
Como consecuencia de esta iniciativa fue posible, en primera instancia, contar con un pequeño fondo de la Fundación Solsticio de Dinamarca, para en 1999 realizar el primer encuentro entre las familias Secoyas de Ecuador y Perú. Este fue un evento histórico no solo para pueblo Secoya sino para las relaciones entre los dos países porque fue el primer encuentro entre las familias de Sieko Pai de los dos países, que se dió pasando la frontera con autorización de Ecuador y Perú. Los pocos y esporádicos encuentros dados con anterioridad se hicieron en la clandestinidad ya que la frontera se encontraba militarizada y vedada a los Secoyas hasta el año 1999.
Gracias al trabajo y visión de los miembros de Fundación Raíz, el pueblo secoya pudo lograr una muy significativa ampliación de sus derechos territoriales, entre al año 2000 y la actualidad, principalmente en territorio peruano, donde el Estado reconoció a favor del pueblo secoya la Reserva Comunal Aido Pai, con una extensión de 247. 887 hectáreas. De lado ecuatoriano, el Ministerio de Ambiente de Ecuador ha determinado un área de aproximadamente 5.000 hectáreas para el uso y manejo de los secoyas. Esta extensión, siendo insuficiente para la práctica de la vida de una comunidad indígena, está siendo cuestionada por los secoyas para obtener una aplicación que asegure un espacio de uso y manejo sostenible para una comunidad secoya.
Fundación RAÍZ, mantiene su compromiso de apoyar al pueblo secoya en su lucha por recuperar la mayor parte de su territorio ancestral y por su derecho a una plena reunificación.
Lagartococha es un río de aguas negras, que forma la frontera norte entre Ecuador Perú, es más importante sistema lacustre de la Amazonía Ecuatoriana y uno de los más importantes y mejor conservados del Perú. Por estas razones, tanto el lado ecuatoriano como el lado peruano, de Lagartococha han sido categorizados como parte de los sistemas de áreas protegida de ambos países. El lado ecuatoriano es el límite oriental de la Reserva de Producción Faunística Cuyabeno y de lado peruano se encuentran el Parque Nacional Güeppí y la Reserva Comunal Airo Pai, creada en reconocimiento de los derechos ancestrales del pueblo Secoya
Este río es a la vez el centro geográfico del territorio secoya dividido entre Ecuador y Perú y es un eje esencial para los contactos entre las familias secoyas de ambos países. Desde el año 1992, Manuel Pallares y Pablo Yépez, miembros fundadores de Raíz, han apoyado a los secoyas para lograr el reasentamiento de algunas familias secoyas en este río. Es así que en el año 2004 un grupo de familias secoyas del Perú se asienta a orillas del río Lagartococha con el nombre de Mañoco o Puerto Estrella, logrando de esta manera que los secoyas retornen a Lagartococha luego de 80 años. Ente 1941 y 1999 el río Lagartococha permaneció como zona militarizada.